Помимо этого Борис Константинович вел сложнейшие работы по скрещиванию, благодаря которым удалось восстановить практически исчезнувшего в годы Первой мировой и Гражданской войн зубра. Еще он занимался восстановлением в заповедной асканийской степи степного орла, стрепета, байбака.
Фортунатов много публиковался в специальной научной печати, принимал активное участие в организации и проведении различных природоохранительных съездов и конференций. В 1932 году он становится членом Комитета по заповедникам при Президиуме В ЦИК, и незадолго перед арестом руководил проектировкой нового Московского зоопарка в Останкино.
Среди предъявленных Фортунатову обвинений были пункты о согласии «на активное участие в к-p организации, ставившей своей целью свержение соввласти», а также «в составлении и осуществлении вредительских планов гибридизации животных…следствием чего явилась затрата впустую крупных государственных средств и гибель ценных экземпляров животных…», а также в пособничестве «созданию условий для широкого распространения заболеваний среди ценных стад животных в заповеднике».
24 февраля 1934 года постановлением Судебной тройки при Коллегии ГПУ УССР Фортунатов был осужден к заключению в исправительно-трудовых лагерях сроком на 10 лет. Заключение он отбывал в Карлаге, был досрочно освобожден, а в 1957 году реабилитирован. В Карагандинском исправительно-трудовом лагере отбывали срок многие научные работники, попавшие в разряд «врагов народа». В лагере были созданы проектно-конструкторское бюро, сельскохозяйственная опытная станция (СХОС), накопившая исключительно ценный опыт работы в деле освоения пустынных степей Центрального Казахстана. Через Карлаг прошли многие профессора Тимирязевской академии, А. Л. Чижевский, А. Н. Туполев… Что касается Фортунатова, то по сведениям журналистов казахстанской ежедневной газеты «Экспресс К», жизнь его оборвалась в Долинской больнице, в печально-знаменитой «столице» Карлага.
Автор благодарит за консультации А. С. Кручинина и Л. Г. Протасова.
В истории научной фантастики советской эпохи «Остров гориллоидов» Бориса Фортунатова должен был бы стоять рядом с «Человеком-амфибией» А. Беляева и «Собачьим сердцем» М. Булгакова. Но этого не случилось. Первый роман стал классикой советской фантастики, второй (впервые опубликованный за границей в 1868, а СССР в 1987 году) — классикой и советской НФ, и мировой литературы. «Остров гориллоидов» был впервые небрежно переиздан лишь в 2009 г. и так и не стал фактом широкого читательского сознания, оставшись достоянием любителей «ретро-НФ».
Вероятно, именно первая публикация «Человека-амфибии», растянувшаяся в 1928 г. на 13 номеров журнала «Вокруг света», натолкнула биолога, генетика, создателя зоопарков и бывшего «бело-красного партизана» Б. Фортунатова на идею романа. Уместно вспомнить, что в первом варианте романа А. Беляева были описаны, как можно понять, гибриды людей и обезьян — хвостатые индейские дети и бесхвостые, лишенные шерсти, но наделенные даром речи обезьяны.
Однако в романе Фортунатова фантазии была придана сугубо документальная окраска. «Чудовищной» гибридизацией занят в его романе советский ученый Идаев, опыты проводятся во Французской Гвинее — как раз там, где в питомнике Пастеровского института в 1927–28 гг. безуспешно пытался скрещивать человека и человекообразных обезьян крупнейший советский специалист в области искусственного осеменения проф. И. И. Иванов. Дикие опыты Иванова подробно освещены в соответствующих работах; свое мнение о них Фортунатов высказал в романе. Несомненно, о деятельности Иванова ему было известно, не исключено и личное знакомство ученых: восстанавливая исчезающие виды животных, Фортунатов широко занимался скрещиванием, работал в Москве и на Кавказе (где благодаря привезенным Ивановым обезьянам возник сухумский питомник); наконец, в заповеднике Аскания-Нова, научным руководителем которого был Фортунатов, Иванов до революции организовал зоотехническую станцию, выводившую гибриды млекопитающих и птиц.
Название романа отсылает читателя к «Острову доктора Моро» Г. Уэллса, служившему источником и для Беляева. Идею военного использования химерических гибридов человека и животных можно, на первый взгляд, возвести к Беляеву: в первом варианте «Человека-амфибии» Ихтиандр в роли подводного диверсанта защищает аргентинских рабочих и фермеров от алчных капиталистов. Но дело, видимо, не в Беляеве — слухи о солдатах-обезьянах, якобы состоявших в армиях союзников, были распространены в годы гражданской войны. В. Шкловский зафиксировал их в мемуарной книге «Сентиментальное путешествие» (1923): «Рассказывали, что англичане — рассказывали это люди не больные — что англичане уже высадили в Баку стада обезьян, обученных всем правилам военного строя. Рассказывали, что этих обезьян нельзя распропагандировать, что идут они в атаки без страха, что они победят большевиков. Показывали рукой на аршин от пола рост этих обезьян. Говорили, что когда при взятии Баку одна такая обезьяна была убита, то ее хоронили с оркестром шотландской военной музыки и шотландцы плакали. Потому что инструкторами обезьяньих легионов были шотландцы». Очевидно, что указанные слухи были хорошо знакомы Фортунатову; очевидно также, что он внимательно прочитал книгу Шкловского, соратника по партии эсеров — его буквально цитирует в романе капитан Ленуар: «Как вы думаете? Мог бы их <гориллоидов> спропагандировать самый талантливый советский агитатор?»